Институти илмҳои гуманитарии ба номи Б.Искандарови АМИТ аз шуъбаҳои зерин иборат аст:

1. Шуъбаи забонҳои помирӣ (мудири шуъба – номзади илмҳои филологӣ Назаршоева Чилла Раҳимбековна);
2. Шуъбаи фолклор ва адабиёти Бадахшон (мудири шуъба – номзади илмҳои филологӣ Қурбонхонова Нуриҷаҳон Мирасановна);
3. Шуъбаи таърих, бостоншиносӣ ва мардумшиносӣ (мудири шуъба – номзади илмҳои фалсафа Ниёзбеков Давлат Толибекович);
4. Шуъбаи тадқиқоти иҷтимоиёту иқтисодиёти Бадахшон (мудири шуъба – номзади илмҳои иқтисод, дотсент Шоидарвозова Марзия Саидвалишоевна);

Неруи илмии Институт

Институти илмҳои гуманитарии ба номи академик Б.Искандарови АМИТ дорои нерӯи илмии зарурӣ дар соҳаҳои адабиётшиносӣ, филология, таърих, бостоншиносӣ, мардумшиносӣ ва иқтисодиёт мебошад. Теъдоди умумии  кормандони Институт 42 нафарро ташкил медиҳад, ки аз ин шумора 27 нафар кормандони илмӣ мебошанд. Аз ҷумла, 6 нафар доктори илм, 12 нафар номзади илм ва 9 нафар ходимони илмиии беунвон мебошанд.

Шумораи кормандони маъмурию техникӣ ва хизматрасонӣ, ки ҳайати раёсат ва сохторҳои техникию хизматрасонии институт дохил мешаванд, 15 нафарро ташкил медиҳад.